时间为十年后2025年的近未来，悬浮车和全息图像等近未来科技投入实用。科学家研究的纳米机器在未来2250年产生意识，它察觉过去时间线不稳定而想要用影响过去，也就是现代来确保自己的出现。本作第一部分舞台为虚拟世界，被招生所吸引的主角和同伴被神秘组织通过脑量子读取，意识进入虚拟世界测试纳米机器的应用。在普通大学大小的区域外则是无边际森林，其中有着各种怪异生物。其中类似史前动物为最多。学生们需要击杀怪物获得学分，最后5人将被淘汰。如果虚拟世界死亡现实也会脑死亡。主要战斗剧情为各种冷热兵器战斗（也有近未来的科幻风武器）经历一系列艰难的战斗后主角在实验结束前将负责人击败，活着的所有人逃离。第二部分则是主角等人被绑入百慕大的双子岛，岛上有世界各地之前通过实验的学生，一个岛为学院一个岛为怪物区。和之前类似的战斗开启，不过这一次加入类似异能和魔法以及有神降术变身英灵的情节。主角身边已死亡的好友妹妹用量子态帮助了主角很多。最后主角在研发纳米机器科学家的帮助下将自身也转换为量子态传送到未来2248将纳米机器刚刚进化的主脑摧毁而结束了一切。